与原电子支付系统相比，新一代海关税费电子支付系统实现海关、银行、国库直联，把原有电子支付系统的税款预扣指令、实扣指令合并，简化为单一的扣税指令，优化了作业流程，进而提高了支付效率。企业与海关、银行在线签署三方电子协议后，可在国际贸易“单一窗口”“互联网+海关”平台上一站式办理报关单申报、税款缴纳等通关手续，企业税款扣缴成功后，海关通关系统自动进行放行作业，无需在海关、银行之间“跑路”。

新一代电子支付系统基于电子口岸(单一窗口)平台，供企业免费使用，无需登录第三方支付平台，即可一站式办理报关单申报、缴税等手续，操作更简便，通关效率更高、企业成本更低。